L'Area Marina protetta si estende per un’area di 2799; ha e circa dieci chilometri di costa
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Basta immergersi pochi istanti nelle limpide acque di Ventotene per restare incantati dallo scenario che appare davanti ai nostri occhi: spugne scarlatte che ricoprono le pareti delle grotte, gorgonie, formazioni di calcare viola e blu che appaiono come corallo tropicale, grappoli e anelli di uova di molluschi, corvine e castagnole. Frequenti incontri con grossi pesci come cernie e saraghi che si lasciano avvicinare senza paura perché non più disturbate da pescatori, vivendo in un area marina protetta. Ammirare i giochi di luce che filtrano dalla superficie, fin giù dove l’azzurro trascolora nel blu più inaccessibile. La particolarità delle immersioni a Ventotene e a S. Stefano è data anche dall’estrema varietà dei fondali: sabbiosi, con estese praterie di posidonia, con ampie pareti, grotte, archetti e anfratti. Nel mare di Ventotene è ancora possibile l’osservazione di reperti archeologici da navi affondate in epoca romana, i più significativi sono oggi custoditi presso il Museo Archeologico Comunale.
Ventotene presenta fondali caratterizzati da anfratti e recessi, favoriti anche dal processo erosivo che causa periodici smottamenti. Questa particolare morfologia, associata all’inaccessibilità da terra di lunghi tratti di costa, favorisce un ecosistema particolare in cui si riscontra grande varietà di organismi bentonici. La presenza di grotte e di franate crea inoltre ambienti sciafili a bassa profondità che ospitano specie tipiche di fondali più profondi. Nei paesaggi subacquei di Ventotene predominano colori come il verde scuro, il rosso cupo o il violetto, determinati dalla presenza di celenterati, poriferi e varie specie di alghe incrostanti. Le volte delle grotte sono spesso ravvivate dal colore arancio delle margherite di mare, qui è possibile incontrare animali notturni come polpi e murene. In prossimità delle zone sabbiose fino ai 40 metri, si estendono ampie praterie di Posidonia oceanica, una importante pianta superiore del nostro mare, in particolare per il suo “effetto barriera” capace di frenare il moto ondoso proteggendo il litorale da fenomeni erosivi. Apparentemente monotone, le praterie di posidonia sono affascinanti per la grande quantità di microambienti che offrono. Un ettaro di posidonieto è in grado di ospitare oltre 350 specie di invertebrati e pesci, senza contare le alghe e i microrganismi. In questo ambiente è facile osservare giovani esemplari di triglie o sospettosi pesci pettine, e con più attenzione possiamo individuare, semisommersi nella sabbia piccoli rombi, pesci lucertola e le tracine, perfettamente mimetizzate. La posizione dell’isola di Ventotene, distante dalla terra ferma e con un profilo che degrada rapidamente a oltre cinquanta metri di profondità, consente d’incontrare organismi pelagici anche in prossimità della costa, come grossi pesci di passo (ricciole, tonni, lampughe, lecce etc.). Anche cetacei sono stati segnalati periodicamente: capodogli (Physeter macro-cephalus), stenelle (Stenella coeruleoalba), delfini comuni (Delphinus delphis) e globicefali (Globicephala melaena). Non di rado è avvistata anche la tartaruga comune (Caretta caretta).